四川省第二中医医院肾病科是国家中医药管理局“十二五”重点肾病专病建设单位、四川省中医管理局慢性肾脏病重点专病建设单位，集医疗、教学、科研、康养为一体的国家级重点专科。建有“全国名老中医吴康衡工作室”、“吴巍名中医工作室”、“肾病研究室”、“血液透析中心”、“结肠透析室”、“慢病管理中心”五大核心科室，于2020年建立慢性肾脏病重大疾病（肾病综合征）水肿防治中心。开放病区床位60张。科室技术力量雄厚，拥有高、中初级高素质医护人员30余人。其中正、副高级职称医师7人，省级名中医2人，第四批全国中医优秀人才1人。

肾病专科主要开展肾脏疾病的中医、中西医结合预防与治疗。创新研制肾病六大证型专方专药，配合中医经络疗法、结肠透析、体质辨识等多途径干预手段，通过防、养、康、延四维一体优势特色治疗，尤其对各类原发性及继发性肾脏疾病如慢性肾功能不全、肾病综合征、慢性肾小球肾炎、紫癜性肾炎、糖尿病肾病、狼疮性肾炎、高血压性肾病等具有特色治疗效果。